Kwestie zmiany struktury właścicielskiej przedsiębiorstwa będącego jednocześnie beneficjentem pomocy publicznej, rozpatrywana jest indywidualnie w odniesieniu do realizowanego projektu. W związku z tym beneficjent przed faktem dokonania zmian w strukturze właścicielskiej przedsiębiorstwa powinien zwrócić się z prośbą do Instytucji Wdrażającej o wyrażenie zgody na dokonanie takiej zmiany w odniesieniu do konkretnego projektu. Wynika to z zapisów umowy o dofinansowanie. §13 ust.2 pkt 2 umowy o dofinansowanie stanowi, iż instytucja wdrażająca (PARP, a w jej imieniu właściwy RIF) może rozwiązać umowę jeśli beneficjent dokona zmian prawno-organizacyjnych w przedsiębiorstwie zagrażających realizacji umowy. Zatem aby mieć pewność, iż planowane zmiany nie wpłyną negatywnie na realizację projektu, zaleca się występowanie do instytucji wdrażającej o wyrażanie zgody na dokonanie takich zmian.